筑波学園教会のパイプオルガンは、１７世紀から１８世紀にかけて、北ドイツの 主にオストフリースランド(Ostfriesland)地方に、１００台を超える銘器を残したオルガン作りの名匠 アルプ・シュニットガー(Arp Schnitger)の様式を、忠実に踏襲しています。
　アルプ・シュニットガーは、最も有名なオルガン製作者の一人で、北ドイツにおけるバロックオルガンの 代表的製作者の一人です。 このアルプ・シュニットガーによるオルガン様式は、１６世紀から１８世紀のヨーロッパにおいて 絶頂期をむかえた様式で、オルガンでありながら工芸品としても最高レベルとされています。

　ストップと呼ばれるパイプオルガン特有の音栓によって、パイプオルガンは、他の楽器には真似のできない 多彩な響きや音色を生み出すことができます。 ストップを複数同時に作動させることにより、実際に装備されているそれぞれのストップ音色にはない音色を、 パイプオルガンは奏でることができるのです。 これが、パイプオルガンが『楽器の王様』と称される所以でもあります。
　当教会のパイプオルガンは、３３のストップを持ち、３段の手鍵盤と足で弾くペダル鍵盤を備えています。

　音色は、北ドイツ改革派・ルーテル派教会の中で培われた力強く、輝かしい荘厳な響きを踏襲しています。 当教会における賛美の大合唱を支えるのに相応しい楽器といえるでしょう。